Conforme decreto 10.841 de 07 de janeiro de 2009 (regulamenta a coleta, tratamento e destinação final do Resíduo de Serviço de Saúde no município de Bauru), que segue a Resolução 305 do Conama. que determina que cada gerador é o responsável por dar a destinação correta dos resíduos de Saúde gerados pelo estabelecimento, contratando empresa especializada para tal.
A partir de março de 2018 a coleta dos resíduos das unidades de saúde do município passaram a ser responsabilidade da Prefeitura de Bauru.
A coleta dos Resíduos de Serviços de Saúde começou a ser implantada em Bauru em 1994, sendo estes resíduos coletados, transportados e depositados em valas sépticas do aterro sanitário. No início, a coleta era executada apenas por um veículo tipo Fiorino e uma equipe composta por dois funcionários - um motorista e um coletor de resíduos.
Neste início de implantação da coleta, as valas sépticas levavam em média de 4 a 5 meses para o total preenchimento e tinham tamanhos definidos, medindo 6 metros de comprimento, 4 metros de largura e 3,5 metros de profundidade, sendo as mesmas impermeabilizadas com asfalto CM 30.
Até maio de 2009 a EMDURB, por meio da DLP - Diretoria de Limpeza Pública, GRSA – Gerência de Resíduos Sólidos e Ambientais e SICA – Setor Integrado de Controle Ambiental, era responsável pela coleta de todos os geradores da cidade de Bauru, e os resíduos eram coletados, transportados e dispostos em valas sépticas. Não existia tratamento definido para estes resíduos.
De 1.994 a maio de 2009 foram utilizadas 101 valas sépticas no espaço do Aterro Sanitário para disposição dos resíduos de serviços de saúde. Estas valas estão numeradas de 01 à 101.
A coleta era realizada em hospitais, clínicas médicas e odontológicas, ambulatórios médicos, farmácias, motéis, prontos-socorros, núcleos de saúde, clínicas veterinárias e consultórios odontológicos localizados dentro das escolas municipais e estaduais.
Com o aumento do volume de resíduos coletados, aumentaram também as dimensões das valas sépticas, o número de veículos e o número de funcionários para atender a demanda dos serviços prestados aos geradores destes resíduos.
As valas passaram a ter 15 metros de comprimento, 4 metros de largura e 4,5 metros de profundidade, e a vida útil passou a ser de 30 a 40 dias. Assim, a cada 40 dias abria-se uma vala nova para disposição dos Resíduos de Serviços da Saúde. Nesta época, a EMDURB possuía 3 equipes com turno de 06 horas cada e dois veículos realizando as coletas de todos os geradores da cidade.
De maio/2009 a fevereiro/2018, a EMDURB coletou os resíduos gerados pelas unidades de saúde do Município. Também fazia a coleta de animais de pequeno porte que eram atropelados nas vias públicas e vinham a óbito e no Centro de Controle de Zoonoses da Prefeitura Municipal de Bauru.
A partir de maio de 2018, a coleta de animais de pequeno porte que são atropelados nas vias públicas e venham a óbito é de responsabilidade da Secretaria de Saúde.