A partir de março de 2018 a coleta dos resíduos das unidades de saúde do município passaram a ser responsabilidade da Prefeitura de Bauru, que contrata empresa especializada para dar a destinação correta aos resíduos.
O decreto de Nº 10841 de 07 de Janeiro de 2009, regulamenta a coleta, tratamento e destinação final do Resíduo de Serviço de Saúde no município de Bauru. Os geradores de Resíduos de Serviços de Saúde particulares devem contratar empresa especializada na realização da coleta, transporte, tratamento e disposição final.